Dois agentes de origens muito diferentes unem forças para resolver casos que o FBI rotulou como Arquivo X, envolvendo fenômenos paranormais ou inexplicáveis. Ambos estão determinados a descobrir verdades ocultas — um em busca de respostas sobrenaturais, o outro em busca de explicações científicas mais terrenas. Juntos, eles farão descobertas que nenhum dos dois jamais poderia imaginar.