Ciente de que sua presença só coloca Scully e William em perigo, Mulder desaparece mais uma vez — mas pelo menos dessa vez é sua própria escolha. Um frustrado agente Doggett tenta encontrar Mulder para que ele possa prosseguir com sua investigação contra o vice-diretor Kersh, mas Scully e Skinner finalmente o convencem a abandonar seu caso. No entanto, mesmo quando Scully ajuda o agente Doggett e o agente Reyes em alguns de seus casos, ela percebe que William ainda está em perigo. Quando ela descobre que um culto religioso quer seu filho morto, ela se volta para os Pistoleiros Solitários. Mas nem eles podem impedir que William seja sequestrado, um fato que força Scully a tomar uma decisão dolorosa. No entanto, mesmo em seu momento mais sombrio, ela recebe a notícia de que Mulder foi encontrado — e está sendo mantido em uma prisão militar pelo assassinato de um homem que não pode morrer.